В 2029 году кибернетические технологии шагнули далеко вперёд, позволяя людям менять руки и ноги на механические аналоги. В отделе безопасности под номером девять служит майор Мотоко Кусанаги. Ей поручено раскрыть дело о загадочном взломщике, скрывающемся под именем Кукловод.